肚子疼去医院挂号要根据肚子疼的程度、持续时间、伴随症状来进行分科：内科或者外科。

如果长期间断性的隐匿性腹痛、患者可忍受，一般考虑消化系统疾病，如溃疡性结肠炎、慢性阑尾炎以及克罗恩病等，需要挂消化内科进一步的检查和治疗。如果发热伴有肚子疼、里急厚重感、脓血便，要考虑是否有慢性细菌性痢疾或者肠结核，需要挂感染内科。但如果患者腹痛特别严重、急腹症，需要挂外科进一步探查。