小孩肛瘘的治疗有保守治疗及手术治疗两种手段，由于小儿肛瘘的发生与雄激素水平的升高密切相关，大多在出生一个月以后开始发病，发病后，随着激素水平的下降，在一周岁以内可有自愈倾向，因而，针对新发的小儿肛瘘，做好局部的护理工作，预防肛瘘感染，待其自然愈合以后，可不做特殊处理，如果肛瘘反复感染，以及瘘口可能会出现多发的情况，变为复杂性肛瘘，可以考虑手术治疗，彻底根治。