药物流产不干净再做清宫，对身体的伤害并不大。

药物流产有大约20%的女性不能够完全把妊娠组织排出来，残留的妊娠组织主要是蜕膜组织，甚至有一部分绒毛组织，残留之后有两种治疗方案可以选择，对于残留物小于两厘米没有明显血流信号，没有多发性子宫肌瘤、疤痕子宫等等情况的可以选择口服药物来促进残留组织排出。如果残留组织量大于两厘米，有丰富的血流信号或者考虑有绒毛残留的是需要及时清宫的。

如果阴道出血多于月经量，也是需要做清宫的。清宫是把宫腔内表面附着的组织清理出来，一般不会损伤子宫内膜。