小儿矮小症的原因可分为以下五个大的方面：

第一大方面，非内分泌性缺陷造成的矮小，比如特发性矮身材，体质性青春发育期延迟，营养不良；第二个大的方面就是生长激素缺乏，这其中又包括有垂体发育异常，下丘脑错构瘤，生长激素或者是生长激素释放激素缺陷，特发性生长激素缺乏症，还有一些是染色体疾病，生长激素基因缺失或者是变异，或者生长激素受体缺陷，胰岛素样生长因子1缺陷；第三个大的方面就是颅脑损伤造成的，比如说围产期的损伤，颅底骨折，放射性损伤，炎症后遗症等；第四个大的方面就是一些浸润性的脑改变，比如哪个汉斯细胞组织增生症；第五大类原因包括有小于胎龄儿，生长激素神经内分泌障碍，精神心理性矮身材，骨骼发育障碍，慢性系统疾病等。因此，小孩矮小症的原因是很多的。