自然流产的病因包括胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素。

相对来说，自然流产发生的时间越早，胚胎的因素就越大，主要指的是胚胎或者是胎儿染色体的数目，或者是结构存在异常，另外，母体全身性疾病，比如说严重感染、高热，严重的贫血或心衰等等。母体生殖器存在异常，如子宫畸形，合并子宫肌瘤、腺肌瘤、宫腔粘连等也会影响胚胎的着床发育，而母体的内分泌异常，如黄体功能不足，多囊卵巢、甲减等会导致流产的发生，再者，强烈的应激以及不良习惯、免疫功能异常，早期接触了过多的有毒有害物质及放射性物质，父亲的精子染色体异常也会出现自然流产。