自然流产清宫危害并不很大。

自然流产过程中如果胚胎没有完全娩出，必须进行清宫手术，因为如果宫腔内有残留，可能导致继发性盆腔炎，出血时间延长，产褥感染等，因此清宫是必要的。

一般来说清宫不会造成太大的影响，因为子宫内膜是周期性脱落，清宫后过一段时间会正常来月经，子宫内膜会逐渐恢复。但是尽量避免人流等操作，因为反复清宫可能在分娩时造成胎盘粘连或胎盘植入，原因就是清宫导致的子宫内膜损伤。

另外，反复多次清宫可能导致子宫内膜变薄，受孕困难等，因此建议有指征的进行清宫手术。