根管治疗后囊肿多数情况下能变小一些，但是如果囊肿范围比较大本身就超过5个毫米就很难说了，有可能严重会失去控制，有的细菌量控制在一定量以下，通过治疗以后观测3到6个月，炎症范围是可以明显缩小的，但是有的人根尖囊肿以后做了根管治疗效果并不理想，而且根管的形态复杂，有可能技术不到位，也无法彻底清理干净，特别是下颌第七个磨牙，因此根管治疗以后，我们尽量用根尖外生物材料进行充填，管部严密封填，观察3到6个月，如果有缩小，建议继续观察，每半年一次，如果没有明显缩小，或者是有增大的迹象，建议要及时止损，做根尖外科手术。