肛裂形成的直接原因，与解剖有密切的关系。

人大便时前侧和后侧受到的压力最大，所以肛裂也最容易发生在肛门的前侧和后侧。另外，肛门的前后侧血运较差。一旦受到损伤，比如外力或者大便、便秘、擦伤，经常腹泻引起的肛门损伤或者肛门镜的插入、手术、以及暴力扩肛，容易导致肛门的皮肤损伤，使细菌入侵以后出现溃疡。另外在大便等刺激感染下，容易引起肛门湿疹、肛乳头炎等慢性的炎症，造成肛管皮肤减弱，出现肛门的裂伤。