卵巢巧克力囊肿少部分患者的确会引起腰部的酸痛，但是大多数患者内移症的症状会被痛经的症状所掩盖而忽视。如果因为病灶侵犯或者是压迫输尿管时，可引起输尿管的狭窄，阻塞，出现腰痛和血尿，甚至和形成肾盂积水以及继发性的肾萎缩。卵巢子宫内膜异位症也叫做卵巢巧克力囊肿，其主要的症状就是下腹部疼痛以及痛经。典型的症状是继发性的痛经呈进行性加重，疼痛的严重程度与病灶大小并不一定会成正比，粘连严重的卵巢异位囊肿患者也可能并无明显疼痛。而盆腔内小的散在病灶，却可以引起难以忍受的疼痛。卵巢是最容易被异位内膜所侵犯的，约80%的患者病变会累及一侧，约50%的患者会累及双侧。