破伤风抗霉素常见的副作用是休克、过敏。可在注射中或注射后数分钟甚至十分钟内发生，患者突然表现为沉郁或者烦躁、脸色苍白、胸闷、出冷汗、恶心或腹痛、血压下降，重者神志昏迷、虚脱，如果抢救不及时，可以迅速死亡。而注射破伤风免疫球蛋白可能导致血清病，主要症状为荨麻疹、发热、淋巴结肿大、局部浮肿。一般在注射后7到14天发病，称为延缓型，亦有注射后2到4天发病称为加速型，而破伤风免疫球蛋白有很少出现副作用的情况。