肛瘘化脓破了，一般建议手术治疗，手术成败的关键在于正确寻找内口，并将内口切开或切除，一般手术时将支管全部切开使之引流通畅，创口逐渐愈合，目前常用的手术方法有切开疗法、挂线疗法、瘘管切除术、多切口引流术、切缝挂线内口引流术、瘘管切缝内口封闭术、脱管疗法、隧道式对口拖线引流等。

如果不想手术，可以暂时选用非手术疗法，非手术治疗主要是通过药物治疗，控制感染，减轻症状，控制病情的发展，但不能彻底治愈。或者是当时治愈，后期会反复发作。用药可以用头孢类药物，或者是甲硝唑输注。