附睾头囊肿在进行手术以后，如果没有损伤到附睾管，是不会影响生育的。如果在手术的过程中，误伤了附睾管，可能是会影响生育的，因此在手术的过程中一定要谨慎。

而且如果对于青年男性囊肿，不是特别大，暂时不予处理。因为这种手术是有可能会损伤到附睾，导致男性生育障碍的，因此一定要引起重视。一般而言，小的附睾囊肿，不会有任何的感觉和症状，是不需要治疗和处理的。如果囊肿的体积大于两到三公分，并且出现了睾丸和阴囊的坠胀、隐痛、不舒服的感觉，就需要通过手术的方式来治疗。最常选用的手术方式为附睾头囊肿切除术，术后还要定期复查，因为这种疾病是有可能会复发的。