肛周脓肿多数后期都会并发肛瘘的形成，因为肛周脓肿的感染来源多为肛窦或是肛腺体细菌感染所致。

肛周脓肿在做切开引流手术时，可以探查脓肿是否与肛门相通的，如果确定是相通的，则后期一定会导致肛瘘的形成，此时要是能准确的找到内口，可行一次性根治手术。手术的方式要根据病情而定，如果是低位脓肿，可行内口一次性切开，如果是高位脓肿，由于内口位置较深，为了避免损伤直肠括约肌则可采取挂线的方法进行治疗。所以一旦确诊为肛周脓肿，手术方式最好选择根治性方法，避免以后形成肛瘘，再次手术治疗。