肛门细菌感染，常用的药物是头孢类和喹诺酮类联合应用。

肛门的细菌感染多来自肠道的革兰氏阴性杆菌感染，常见的有大肠杆菌、伤寒杆菌、绿脓杆菌等。常常合并的，还有一些厌氧菌的感染。针对于革兰氏阴性菌比较敏感的药物有头孢类，如临床常用的有头孢呋辛、头孢西丁、头孢哌酮。对于厌氧菌常用的有甲硝唑、奥硝唑，还有左氧氟沙星、阿米卡星等。当经验用药疗效不佳时，可以取分泌物作细菌培养及药物敏感试验，根据检测结果来选择最敏感的药物，往往能取得较好的效果。应用抗菌药物的同时，因为患者每日要排大便，所以建议配合应用黏膜保护剂，如复康复新液等。