幽门水肿一般情况下自愈的可能性不大，患者需要吃一些药来治疗。

如果患者是由于幽门管溃疡导致的幽门粘膜充血水肿，这时候需要给予质子泵抑制剂来抑制胃酸分泌。常见的有雷贝拉唑肠溶片，艾斯奥美拉唑肠溶片。保护胃粘膜的药物也需要应用，比如硫糖铝混悬液、磷酸铝凝胶、铝碳酸镁片等等。必要的时候如果患者幽门梗阻比较明显，还需要放置胃肠减压管。减压引流恢复患者胃窦炎症，幽门水肿的表现。