晨起口苦的原因有很多，西医认为可能与幽门螺旋杆菌感染，胆汁反流，肠胃功能紊乱，口腔疾病等因素有关。

常见的是胃部的一些疾病导致，例如幽门螺旋杆菌感染，对胃部的黏膜造成损害，产生较多气体，导致患者出现反酸，嗳气的表现。服用抗幽门螺旋杆菌的药物后，可能会出现一些口干，口苦现象，另外，胆汁反流性胃炎的患者也可能会出现口苦的现象，或者是口腔方面的疾病，例如龋齿，牙龈炎等，导致细菌滋生，出现口苦。中医认为，晨起口苦的现象，主要是与脾胃湿热有关，或者肝失疏泄，肝胆火上炎所致。疏泄能够促进脾胃的运化和胆汁的排泄，肝胆互为表里，一旦出现肝失疏泄的情况，导致肝气横逆，胆汁上逆，或者是胆经的郁热，都会表现为口苦的症状。或者是平时饮食过于油腻、辛辣、刺激等导致脾胃有湿热内蕴，也会出现口苦的现象。