肛瘘的内口深度并不确定，一般的话通常会在齿状线附近。

容易出现内扣，这个距离大概距肛门约2厘米的距离。因为不同原因导致的肛瘘的内口位置也是不宜不一样的。如果通常来说，由肛窦感染肛线感染引起的这种肛瘘，内口的位置一般是在齿状线的附近，但是如果是外伤性导致的肛瘘或者是，直肠破裂穿孔导致的肛瘘，以及克罗恩病这种情况导致的肛瘘，那么它的内口位置就不一定了。有可能在直肠或者更高的位置。所以说，对于肛瘘比较浅的内扣处理，相对容易一些，但是如果位置比较高的，那么手术处理，内科也是比较困难的。