绝经后，巧克力囊肿会消失的。

巧克力囊肿和月经有关系，来月经的时候卵巢里就会有出血，这样越积越多就形成了巧克力囊肿。绝经之后不再来月经，所以巧克力囊肿也不再增大，而是萎缩消失了。巧克力囊肿在生育期的时候，可能会影响排卵，或者是导致不孕症，只要没有影响到怀孕，小的巧克力囊肿，不需要做手术治疗，即使做了手术，术后复发几率也是比较高的。如果同时影响到了盆腔，盆腔炎，有子宫内膜异位症的，可以在手术后打一些针，能够预防复发。巧克力囊肿治疗性疾病很少发生恶变的，所以只要囊肿不大，没影响到怀孕的是可以定期复查的。