肩关节囊肿并不会自己消失。肩关节囊肿，如果没有症状，可以不用处理。

但大部分患者可以引起肩关节的囊性肿块，肩关节的酸胀不适、疼痛，甚至影响肩关节的活动。目前对于肩关节囊肿，往往可以通过保守治疗和手术治疗。保守治疗可以通过穿刺的方法，抽取囊液，然后加压按揉，或者是将囊液抽出后，注射激素或者透明质酸酶，局部再加压包扎。

如果经过保守治疗，仍有复发的肩关节囊肿。则可以考虑手术的治疗，手术可以彻底的切除关节囊肿。手术的方式包括关节镜下切除与开放性手术切除，术后应避免肩关节的剧烈活动，防止肩关节囊肿的复发。