晚上睡觉起来肩膀特别痛，通常可能是有以下几个方面的原因所导致：

第一，是由于晚上睡觉的时候肩膀受凉，可以引起局部肌肉肌筋膜产生无菌性的炎症反应，从而导致肩膀特别疼痛的症状。

第二，由于颈椎骨质增生或者椎间盘突出，在晚上睡觉的时候，会出现对神经压迫的症状加重，从而引发肩膀特别疼痛的症状。

第三，由于肩袖出现的损伤或者是肱二头肌出现了劳损，可以引起晚上睡觉起来的时候，肩膀特别疼痛的症状，甚至会有夜间痛醒的情况发生。