肛瘘手术一般需要3到4周恢复，具体恢复时间还要看个人体质、年龄、肛瘘的类型而定。

如果体质弱，营养太差或者是老年人且合并有内科疾病，如糖尿病则恢复时间要慢，肛瘘一般分为高位和低位，低位肛瘘多为表浅瘘道术后恢复时间会短；高位肛瘘则瘘管深且多超过肛门直肠肌肉层则需挂线治疗，恢复时间会长。

还有特殊类型肛瘘如复杂瘘，其有多个瘘口或瘘道，手术难度大且恢复亦较慢。肛瘘的原因是由于肛周感染导致肛周脓肿形成后并发的一种疾病，故一旦确诊为肛周脓肿应及时治疗避免肛瘘的形成。