肩膀睡一觉起来疼痛的症状往往有以下几个方面的问题是导致：

第一，是由于肩膀部位受凉所引起，在夜间睡眠的时候，肩膀这个部位有时候没有进行很好的覆盖，会因为受到寒冷刺激而引发局部无菌性的炎症反应，从而导致肩膀睡一觉起来出现疼痛的症状。

第二，是由于颈椎的问题所导致的，颈椎的骨质增生或者椎间盘突出可以刺激或者压迫神经而引起肩膀疼痛的症状，在睡觉的时候颈部有后伸的动作可能会加重神经的压迫而引起睡觉起来出现疼痛。

因此出现了肩膀睡一觉起来疼痛需要及时到医院就诊，查明原因，以便进行针对性的治疗和处理。