巧克力囊肿是会引起腰酸腰痛的。

巧克力囊肿的典型症状是疼痛，包括继发性痛经进行性加重，疼痛多位于下腹部、腰骶部以及盆腔中部，有时会放射至会阴部、肛门以及大腿。

这种疼痛多发生在月经来潮时，并持续整个月经周期。疼痛的程度与病灶大小不一定成正比，粘连严重的巧克力囊肿患者也可能没有疼痛。而盆腔内散在的小的病灶，却有可能引起难以忍受的疼痛。少数患者还会表现为持续性的下腹部疼痛，在月经期加重。

另外，患者还会有不孕症，性交不适，月经异常，以及其他部位的疼痛和压迫感。