巧克力囊肿比较小的不治疗，可以持续增大；如果巧克力囊肿比较大，仍然不治疗的话，有可能发生破裂地扭转等并发症。

巧克力囊肿是有活性的子宫内膜在卵巢及盆腔内各组织种植，这些有活性的子宫内膜持续增长，脱落出血形成囊肿，巧克力囊肿可以导致痛经以及慢性的腹痛。一旦发生扭转，可以导致卵巢缺血坏死，需要及时手术切除。

巧克力囊肿破裂囊内液体流出到盆腔，可以导致剧烈的腹痛，甚至休克。不管是巧克力囊肿破裂还是扭转，都属于妇科急腹症，需要急诊手术，危害比较大。

另外，卵巢巧克力囊肿越来越大，可以压迫正常卵巢组织，使之萎缩，失去正常的排卵以及分泌性激素的功能。

因此，卵巢巧克力囊肿比较小可以不治疗，如果超过四厘米，应该及时手术。术后建议用药物抑制月经来潮，巩固治疗效果，避免发生卵巢囊肿扭转以及破裂等等并发症。