肠瘘一般指的是肠道出现瘘出现破裂，穿孔有一些粪便和肠液会流到腹腔，引起严重的感染症状。而肛瘘一般是肛周疾病出现的一些慢性的感染，肛门形成瘘管，一般会有分泌物和脓液从瘘管流到肛门外。

这两种不同的疾病，严重程度也是不一样，肛瘘是一种慢性的炎症性疾病，他可以先保守治疗，暂时不需要手术治疗。但是对于肠瘘来说，这是一种比较严重的疾病，如果肠瘘发生，还有可能并发腹腔感染或者更严重的全身性症状。所以如果肠瘘是需要及时、密切进行治疗，而肛瘘的话可以择期再进行手术治疗。