早上醒来全身酸痛的原因，主要有以下几个方面。

首先要考虑感冒发热的可能。如果患者在睡觉的过程中受凉，就可导致第二天感冒发热，从而就会出现早上醒来全身酸痛。而且还可伴有鼻塞、咳嗽等症状。其次，要考虑风湿性疾病，比如类风湿性关节炎以及强直性脊柱炎的时候，都可引起患者出现晨僵的症状。此时，就可表现为早上醒来全身酸痛。当活动之后，全身酸痛可逐渐缓解。最后，要考虑精神性疾病，比如焦虑症。