滑膜肿瘤的起因，往往病因不明，可能是由于遗传、外伤或者滑膜的慢性炎症疾病转变而成。

比如人体的膝关节受伤后，会导致组织在修复。在修复过程中，细胞发生变异，产生滑膜肿瘤。恶性的滑膜肿瘤，也就是滑膜肉瘤是由于基因突变引起，主要是由x染色体和18号染色体易位引起。但是引起这个染色体变异的原因不明，很难追溯其诱因。国外有报道像农药之类的特殊物品，可能会导致滑膜肉瘤的产生。而目前为止没有科学的证据，证明哪一种元素是滑膜肉瘤发生的根本原因。绝大多数的滑膜肉瘤都是偶发性的，也并不会在家族中遗传。