副鼻窦炎粘膜下囊肿的治疗需要结合囊肿的具体大小以及患者的症状来决定，可以分为药物治疗以及手术治疗这两个大的方面。

第一种情况，如果患者没有明显的临床症状，只是在无意间做检查而发现了副鼻窦粘膜下囊肿，囊肿也比较小，那么这种情况了就不需要特殊处理，也不需要用药。定期观察随访就可以。

第二种情况，如果病人的确有临床症状，比如鼻塞、流鼻涕或者头昏头痛，这种情况就需要临床干预。可以使用鼻用糖皮质激素以及治疗鼻炎的中成药物对症处理。如果药物治疗效果依然不佳，或者囊肿比较大，引起的局部的占位或者诱发的鼻窦炎，则建议手术治疗彻底切除囊肿才能够治愈。目前一般可以采用鼻内镜下的微创手术切除。