胚胎停止发育的病因十分复杂，主要与胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素等有关。另外还有部分患者的胎停运是没有任何原因的。母亲因素包括严重的全身疾病，如感染、高热等一些合并症，如高血压、糖尿病、营养不良等等。还有就是内分泌功能的异常，如黄体功能不全、甲状腺功能异常，有可能会影响胚胎的着床以及发育。再者生殖器存在畸形，如子宫肌瘤、子宫腺肌瘤、宫腔黏连，子宫本身存在畸形，这些会影响到胚胎的着床。还有就是母亲的一些不良生活习惯以及应激反应刺激。父亲精子染色体存在异常，胚胎本身染色体结构或数目存在异常，以及在孕期接触过多的电离辐射、化学物质等，都有可能造成胚胎停止发育。