宝宝发烧，眼睛疼，引起的原因有很多种。比如，在发烧的时候，可能会引起局部的脑血管有出血的情况，也会出现颅内压增高而出现眼睛疼痛。还有就是如果受到了病毒感染也可能引起咽结合膜热，也会有这种眼睛疼的情况。如果宝宝眼睛疼的比较厉害的话，那么建议一定要及时的到医院去进行检查，然后再给予针对性的治疗。当宝宝发烧有两天以上时，也要尽早的到医院就诊，明确具体的发烧原因，采取针对性的治疗措施。