扁平疣部分患者是可以自愈的，不过病程比较长，可以持续1到3年。另外，也有患者可以反复发作，不能自愈。

扁平疣主要是感染了人类乳头瘤病毒而引起的良性赘生物，一般得了扁平疣之后，建议及时的治疗。由于扁平疣一般搔抓之后，皮损可以成串珠样的排列即自体接种反应，所以得了扁平疣之后用手搔抓皮损。一般治疗上，包括外用药物治疗和物理治疗，外用药物治疗，常用的药膏有维A酸类的软膏或米喹莫特软膏，物理治疗包括冷冻、电灼、激光等治疗。