三九胃泰颗粒是一种中成药制剂，它最常见的副作用是口腔异味、腹痛、腹泻、恶心、呕吐等胃肠道反应，偶尔可以见到肝毒性，表现为血清转氨酶的短暂性升高。

还可能发生过敏反应，表现为药疹、荨麻疹。还有引起头痛的神经系统反应，曾有发生短暂性中枢神经系统副作用的报告，包括焦虑、头昏、失眠、幻觉、噩梦或者意识模糊。但是原因和药物的关系并未明确。

另外，三九胃泰颗粒含有糖分，糖尿病患者使用时可能会引起血糖的升高。这个药物里面含有三叉苦、九里香等天然纯中药。可以有清热燥湿、行气活血的功效，对于胃寒的患者，孕妇、哺乳期妇女需要谨慎使用。