巧克力囊肿是可以用艾灸来治疗的，可以缓解疼痛，但是并不能根治。

艾灸是一种传统的中医疗法，采用温热的刺激，可以促进局部血液循环，促进炎症的吸收和消退。对于治疗巧克力囊肿所引起的疼痛，就有很好的效果，但是并不能根治。巧克力囊肿实际上是一种子宫内膜异位症的病变，是一种良性疾病。严重的患者需要做手术处理。患者可能会有痛经和不孕。艾灸可用于治疗痛经，可以在医生的指导下做艾灸，但是巧克力囊肿需要每年进行复查，需要到专业医生那里去进行检查，必要时需要手术治疗。