流行性结膜炎最常用的是使用干扰素滴眼剂，0.1%阿西洛韦，0.15%更昔洛韦，还可以配合使用血管收缩剂，可减轻症状。

当出现感染时，尽可能避免人群之间的接触，因为流行性结膜炎的传染性非常强，它由腺病毒引起，起病急，症状重，双眼发病，合并细菌感染时加用抗生素治疗。应用中还可以配合糖皮质激素滴眼剂，病情控制后应减少糖皮质激素滴眼剂的滴眼频度，应用中要注意逐渐减药，不要突然停药，以免复发，另外还要注意激素的副作用，必须采取措施，减少感染传播，所有接触感染者的器械必须仔细清洗消毒，告知患者，避免接触眼睑和泪液，要经常洗手。