患者可以通过化验粪便球菌杆菌比值，还有结肠镜检查来判断是肠炎还是菌群失调。如果结肠镜检查提示结肠弥漫性的充血水肿、糜烂，说明患者有结肠炎症。如果粪便球菌杆菌比值出现异常，说明患者存在菌群失调状态。

需要指出的是，结肠炎往往容易合并菌群失调。所以肠炎和菌群失调并不是独立的，两者之间是有关系的，甚至大多数情况下，肠炎会合并菌群失调这种表现。需要给予相应的药物治疗。