肛门里面化脓多是由局部感染引起的。

肛门直肠周围脓肿的发病机理目前比较公认的是中央间隙感染学说，直肠肛管周围脓肿的感染病灶，多来自肛线腺，因肛腺口向上粪便易进入或损伤肛窦而致感染感染，通过腺体的管状分支沿肛腺导管穿过内括约肌侵入内外括约肌之间形成肌间隙脓肿，亦称中央间隙脓肿。系始发病灶，随后脓肿炎延中央腱的纤维革向各处扩散，向下至皮下间隙，形成皮下脓肿，向上经括约肌间间隙形成括约肌间脓肿，也因此间隙向上至骨盆直肠间隙引起骨盆直肠脓肿或沿联合纵肌纤维向上下外三处扩散到刚肛管直肠周围间隙，形成各种不同部位的脓肿，沿下行的联合纵肌间隙可以引发低位肌间脓肿。向外括约肌皮下部及前部蔓延或直接将肛管皮下蔓延，可形成肛门周围脓肿，这是最常见的脓肿，也可形成肛管后间隙脓肿，或像一侧或两侧坐骨直肠窝扩散形成单侧或马蹄形双侧坐骨直肠窝脓肿，经联合纵肌间隙向上蔓延到直肠纵肌与环肌间，可形成高位肌间脓肿，此外，亦可经淋巴管途经向各个间隙扩散而形成脓肿。