淋病与非淋菌性尿道炎的鉴别诊断主要是包括临床症状的不同。

淋病主要表现为尿道口大量黄脓性的分泌物，以急性的尿道炎形式表现出来。可以有尿道的刺痛感和刺痒感，伴有排尿的疼痛感。而非淋菌性尿道炎，一般尿道口的分泌物呈稀薄乳白色，且以慢性的尿道炎为主要的表现形式。

另外，两者的病原体不同。淋病主要是淋病奈瑟菌感染而引起的。而非病菌性尿道炎，一般是由沙眼衣原体和支原体及白色念珠菌，甚至有阴道毛滴虫感染而引起的。