除了一些特殊类型的肛瘘，本病只要确诊均需要手术治疗。

治疗的目的是消除瘘管、感染灶，防止复发，保护肛门的功能及外观。由于其病理变化的复杂多样性，部分患者的临床效果并不乐观，甚至可能出现严重的手术并发症。还没有一种手术方式适合于所有肛瘘的治疗。对于部分术后多次复发，瘘管走向复杂，手术后出现肛门失禁可能性较大。症状相对较轻微的患者，可以选择对症治疗，保持引流通畅，带瘘生活。