长卵巢巧克力囊肿的原因主要是由于子宫内膜的腺体和间质出现在了子宫体以外，侵犯了卵巢的部位。卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，其病因有多种原因，可能与经血逆流、静脉及淋巴播散、医源性种植、体腔上皮化生学说、遗传因素、免疫与炎症因素以及其他因素等相关。卵巢巧克力囊肿主要指的就是典型的陈旧性血液聚集在囊腔内，形成咖啡色粘稠液体。是巧克力样，因囊肿周期性出血，囊内压力增大，囊壁容易反复破裂，破裂后囊内容物刺激腹膜发生局部。反应以及组织纤维化，就会导致卵巢与临近器官组织紧密相连，造成卵巢固定不活动。