同房之后第三天肚子疼的原因，这种情况考虑可能有盆腔炎所引起。

需要到医院做妇科检查是否有子宫压痛，宫颈举摆痛，伴有双附件压痛等症状，如果同时伴有以上症状时，需要查血常规降钙素原进一步的明确诊断，同时必要时查B超检查了解盆腔内的情况具体如何，考虑急性盆腔炎，可以给予抗生素抗感染治疗，如果治疗之后三天有效，继续予以抗生素10到14天整个疗程。