对于发生在睾丸部位的传染性软疣需要给予的是疣体的去除，并配合免疫的调节。在物理治疗的方法上选择可以使用液氮将疣体去除。该病具有复发性，所以需要配合免疫调节，如口服胸腺肽肠溶胶囊、匹多莫德颗粒或复方甘草酸苷片等药物加强局部清洁，烫洗消毒内衣裤，保持阴囊部位的干燥通风，并外涂干扰素凝胶、酞丁安乳膏等抗病毒类的药物，以抑制病毒的复制。

传染性软疣俗称为水瘊，好发于儿童，也见于成年人以及免疫力低下的人群。