睡觉时半夜头疼原因有很多：

第一个考虑脑血管疾病，比如说脑梗死、脑出血、蛛网膜下腔出血、脑动脉硬化等，这些情况会导致半夜头疼的发生。

第二个原因可能是高血压引起，主要见于高血压疾病的患者，比如说用药不规律、情绪激动。另外，饮食不规律等等，都可能导致半夜血压升高，这种情况需要到心内科做个动态血压监测和头颅CT，必要时服用降压药物。

另外，半夜头痛，还有可能是偏头痛、神经性头痛等功能性头痛的发作，需要到神经内科详细检查后才能确诊。