宫颈囊肿首先是宫颈的生理性变化，之所以会长囊肿主要是子宫颈转化区内鳞状上皮在取代柱状上皮的过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或者伸入腺管内，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，就容易潴留形成囊肿。

另外，子宫颈局部损伤或者子宫颈慢性炎症会导致腺管口狭窄，也可以出现子宫颈的腺囊肿形成。子宫颈的肾囊肿通常不需要处理，但是深部的子宫颈腺囊肿在子宫颈表面没有任何异常，仅表现为子宫颈肥大，这种情况还是要与子宫颈腺癌相鉴别的，所以建议女性有子宫颈性囊肿，定期的进行宫颈癌的筛查。