肛周脓肿和毛囊炎的区别主要是疾病的原因不一样，肛周脓肿是由于肛门里面感染，逐渐向肛周蔓延而导致的化脓性疾病，而毛囊炎主要是皮肤局部的一个细菌感染而引起的。

肛周脓肿、疼痛，痛起来是非常明显的，还会有发热等症状，而毛囊炎一般疼痛的比较轻。只是皮肤局部有一些症状。在治疗方面，肛周脓肿大多数是需要切开引流来治疗的。而毛囊炎一般是局部用药就可以进行治疗。所以从以上几个方面来说，肛周脓肿和毛囊炎都是不同的，病因、症状和治疗上都是不一样的，所以可以进行区别。