宫颈腺多发囊肿，又是子宫颈腺囊肿，绝大多数情况下是子宫颈的生理性变化。主要是子宫颈转化区内麟状上皮在取代柱状上皮过程中，新生的麟状上皮覆盖子宫颈线管口或者深入线管内，将线管口堵塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿，另外子宫颈局部损伤或子宫颈慢性炎症，也会导致线管口狭窄，也可导致子宫颈腺囊肿的形成。

通常情况下，子宫颈腺囊肿不用特殊处理，但深度的子宫颈腺囊肿由于子宫颈表面没有异常，仅表现子宫颈的肥大，这种情况还是需要与子宫颈腺癌相进行鉴别的。