肛瘘的形成原因如下。

1.肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出、脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。2.肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。3.肛门直肠周围脓肿破溃或者切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦处。肛窦则是继发感染的门户，反复感染形成瘘道。4.直肠内有一定的压力，将直肠感染物质，如粪便、气体可经常不断地从内口进入瘘道，刺激肠壁，继发感染后由外口排出，也是造成肛瘘的原因。