双胞胎也可以做亲子鉴定。如果在孕期，可以抽产妇以及疑似生父的血液来进行判断，但是不能确定两个孩子到底哪个是怀疑生父的。比较准确的方法可以在超声定位下来抽取每个胎儿的羊水，根据羊水中胎儿细胞来进行dna亲子鉴定。

双胞胎可以分为双绒毛膜双胎和单绒毛膜双胎，不同的情况可能需要鉴定的程序也有所不同。双胞胎在羊水穿刺时风险较大，可能发生流产、出血改善、细胞培养失败等可能，因此对于双胞胎的亲子鉴定要较为慎重，产妇需要知道有可能会导致流产。