肩膀突出来的骨头疼痛，可能和以下几方面的原因相关：

第一，可能和肩关节退行性疾病相关，其中较为常见的有肩关节关节炎以及肩关节滑膜炎，以及最为常见的肩周炎等，这些疾病均是因为肩关节相应的一些结构发生无菌性炎症性疾病，进而出现疼痛等方面的一些变化。

第二，可能和肩关节结构病变相关，其中，较为常见的有肩峰撞击综合症或者是肩袖损伤等，这是疾病均有可能会引起肩关节疼痛，活动受限等方面的一些变化。