囊肿手术时间根据不同部位的囊肿，囊肿的复杂程度以及手术方式不同，时间相差很大。

第一个最常见的浅表囊肿，比如皮脂腺囊肿，只要在局部麻醉下门诊即可，手术一般10到20分钟左右就能结束。内脏器官的囊肿，比如说妇科卵巢囊肿，又分为浆液性囊肿、粘液性囊肿、巧克力囊肿等。甚至有些囊肿，已经发生恶变，手术方案就会相差很大，手术的时间一般需要2到3个小时甚至更长的时间。肝囊肿或者肾的巨大囊肿，凿开窗，引流手术一般需要1到2个小时左右。总之，不同部位的囊肿手术的时间会相差很大。