肛瘘一旦形成，必须采取手术的方法进行治疗，其是不能自愈的。

因为肛瘘的形成是由于肛周脓肿没有及时有效的治疗后导致形成的，其感染的来源为肛窦或是肛腺发炎所致，肛瘘的管道与肛门内相通的，故肠道内的分泌物或是粪液就会由肛瘘的内口进入瘘管内，导致瘘管反复的感染或是有脓血性的分泌物由肛瘘的外口流出，所以只有将瘘管完整切除，才能达到治愈的目的。肛瘘一般根据内口的深度分为低位肛瘘和高位肛瘘，不同类型的肛瘘手术的方式也是有所区别的，低位肛瘘一般可采取一次性切除瘘管的手术，但是高位肛瘘由于内口深，为了避免损伤肛门括约肌，则需要行挂线的手术方法进行治疗。